اتهم الرئيس الصومالي شريف شيخ أحمد للمرة الأولى، اريتريا بتسليح وتمويل المتمردين الصوماليين الذين يشنون منذ السابع من مايو هجوما واسعا بهدف الاطاحة به. وقال الرئيس الصومالي خلال مؤتمر صحافي في مقر الرئاسة الصومالية: "نعلم في شكل أكيد أن غالبية الأسلحة التي في أيدي المتمردين مصدرها اريتريا. نعلم أن ضباطا

اريتريين يأتون إلى هنا ويحملون أموالا. اريتريا ضالعة هنا بشدة".
ودعا الاتحاد الأفريقي الجمعة مجلس الأمن الدولي إلى فرض عقوبات على حكومة اسمرة، منددا بدعمها للمتمردين الإسلاميين الصوماليين.كذلك، دعا الاتحاد إلى فرض حظر بحري وجوي على الصومال للحيلولة دون إيصال الإمدادات إلى المتمردين من جانب اريتريا التي لا حدود لها مع الصومال. وفي السابع من مايو، شن المسلحون الصوماليون بقيادة الزعيم الإسلامي المتشدد شيخ حسن ضاهر عويس هجوما في مقديشو في محاولة للإطاحة بالرئيس أحمد، الإسلامي المعتدل الذي انتخب في يناير. وقالت الحكومة إن المواجهات أسفرت عن أكثر من مئتي قتيل، معظمهم مدنيون. وقتل الثلاثاء سبعة مدنيين بهجوم بقذائف الهاون استهدف على ما يبدو المقر الرئاسي من دون أن يطاوله.
وتابع أحمد: "قال الشيخ عويس إنهم (الاريتريون) يدعمونه". وقال أيضا: إن "هدف اريتريا إبقاء شرق أفريقيا في حال اضطراب. من اللحظة التي تقع فيها حرب وتوترات بين أثيوبيا واريتريا، فإن اريتريا تحتاج إلى مكان يتم فيه تدريب مجموعات المعارضة الأثيوبية. إنهم يستهدفون تدمير أثيوبيا ويريدون زعزعة استقرارها انطلاقا من الصومال".وخاضت اثيوبيا واريتريا نزاعا حول الحدود بين العامين 1998 و2000 أسفر عن نحو ثمانين ألف قتيل. ومذ ذاك، لا يزال التوتر شديدا بين البلدين الجارين في القرن الأفريقي. وردا على سؤال عن احتمال تدخل اثيوبيا مجددا في الصومال، قال أحمد: "الأمر غير وارد، نريد أن تبقى بلادنا مستقلة. لن نقبل بأي تدخل. إذا أراد أحد (بلد) أن يساعدنا، علينا أن نتأكد أولا من نياته".
وكان شهود أفادوا لفرانس برس أن قوات اثيوبية دخلت الصومال مجددا في 19 مايو، وذلك بعد أربعة أشهر من انسحاب كامل من هذا البلد. لكن أثيوبيا نفت هذا الأمر مؤكدة أنها لن تتدخل في الصومال "من جانب واحد" لدعم الحكومة المحلية. واكد الرئيس الصومالي أن "وزيرنا للأمن القومي توجه إلى أديس ابابا وبحث هذه القضية مع الأثيوبيين. لقد توافقوا على أن القوات الأثيوبية ستبقى في الجانب الآخر من الحدود".
ومع نهاية 2006 وبداية 2007، تمكنت القوات الأثيوبية من إلحاق هزيمة بالإسلاميين الذين كانوا يسيطرون منذ ستة أشهر على القسم الأكبر من وسط البلاد وجنوبها بما في ذلك مقديشو. وانسحبت القوات الأثيوبية من الصومال في بداية 2009. وكان الرئيس الصومالي أكد الاثنين أن بلاده "اجتاحها" جهاديون أجانب. وفي 12 مايو، أقر المتمردون الإسلاميون بوجود مقاتلين أجانب إلى جانبهم. وعلق أحمد أمس: "نعتقد أن معظمهم يأتون من باكستان وأفغانستان والعراق". و قال رئيس الوزراء الصومالي عبد الرشيد شرمركي: "وفق معلوماتنا، هناك اليوم في مقديشو ما بين 300 و400 مقاتل أجنبي من جنسيات مختلفة".
ووصفت اريتريا طلب الاتحاد الأفريقي من الأمم المتحدة فرض عقوبات عليها بزعم تزويدها مسلحين يحاربون الإدارة الصومالية الجديدة بالأسلحة بأنه "غير مسؤول على الإطلاق". وقالت اريتريا في موقعها الرسمي على الإنترنت: "ترفض اريتريا بشدة البيان غير المسؤول وغير المشروع الذي صدر باسم الاتحاد الأفريقي." وأضافت: "البيان غير المشروع وغير المسؤول على الإطلاق...صدر على أساس اتهامات لا سند لها موجهة لاريتريا دون التحقق من الوقائع ودون حتى التشاور مع الرئيس الحالي للاتحاد الأفريقي." كما نفى الرئيس الاريتري اسياس افورقي الاتهامات قائلا: إن عملاء أمريكيين يروجون لأكاذيب للإساءة لسمعة حكومته. واستدعت أسمرة سفيرها في مقر الاتحاد الافريقي في اديس أبابا.